Были отобраны молекулы, находящиеся на доклинических и клинических испытаниях (23 структуры) и на ранних стадиях разработки (7 структур). Порог активности был установлен на основе литературных данных (IC50 = 5 мкМ). Наборы данных были объединены, дубликаты удалены, и окончательная база данных активных молекул включала 22 структуры. Были сгенерированы конформации для каждой структуры, наложены друг на друга, и на основе этих данных были разработаны гипотезы фармакофора.
Проверенное ГК Химрар химическое пространство было наложено на базу данных активных молекул (22). В результате были отобраны структуры с высоким 2D-сходством и значениями 2D-топологии (30137). Для выбранных структур были сгенерированы 3D-конформации.
В результате из химического пространства ChemDiv были отобраны 2751 структура, удовлетворяющие гипотезам фармакофора.